Theo báo cáo của MRB, tính đến thời điểm hiện nay, dự án đang triển khai 10/10 gói thầu chính; tiến độ tổng thể chung của dự án đạt khoảng 74,63% (trong đó tiến độ thi công đoạn trên cao đạt 95,2%; tiến độ thi công đoạn ngầm đạt 33%).

Theo đó, MRB Hà Nội đề xuất điều chỉnh thời gian thực hiện dự án từ giai đoạn 2009-2022 thành 2009-2029, trong đó đưa vào khai thác, vận hành đoạn trên cao trong năm 2022; vận hành toàn tuyến vào năm 2027 và hoàn thành bảo hành, quyết toán vào năm 2029. Đáng chú ý, MRB cũng kiến nghị điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án là 34.532 tỷ đồng, tăng khoảng 4.905,24 tỷ đồng (tương đương khoảng 202,81 triệu Euro).

MRB giải thích việc điều chỉnh tổng mức đầu tư là do sự biến động của tỷ giá quy đổi (tiền Euro sang tiền đồng) khi thanh toán khối lượng thực hiện; do điều chỉnh thiết kế và các yêu cầu kỹ thuật để phù hợp với thực tế thi công và phương án vận hành; do chậm trễ tiến độ dẫn đến phải gia hạn thời gian thực hiện; cập nhật các chi phí trong tổng mức đầu tư...

Về vấn đề chậm trễ tiến độ, MRB Hà Nội cũng nêu 5 khó khăn gây ảnh hưởng khiến đơn vị phải gia hạn thời gian thực hiện.

Thứ nhất, do ảnh hưởng đại dịch Covid-19 làm chậm trễ, gián đoạn sản xuất, nhập khẩu thiết bị và huy động chuyên gia từ châu Âu, dẫn đến các gói thầu thiết bị kéo dài và tăng chi phí.

Thứ hai, việc chậm trễ, vướng mắc về giải phóng mặt bằng (GPMB) và di dời hạ tầng kỹ thuật là nguyên nhân chính, ảnh hưởng nghiêm trọng đến tiến độ dự án. Mặc dù đến thời điểm hiện tại, công tác GPMB của đoạn trên cao đã hoàn thành và bàn giao cho các nhà thầu, tuy nhiên, vẫn tồn tại khiếu nại kéo dài của 177 hộ dân tại Depot và đường dẫn vào Depot đối với các chính sách bồi thường, hỗ trợ.

Bên cạnh đó, có những gói thầu chậm bàn giao mặt bằng đến 5 - 6 năm so với kế hoạch. Đặc biệt, có 50 toà nhà (không trong diện thu hồi đất) bị ảnh hưởng trong quá trình thi công tuyến hầm, song  quy trình thực hiện bồi thường cho các hộ dân này rất khó khăn bởi chưa có tiền lệ và chưa được hướng dẫn theo các quy định pháp luật.

Thứ ba, các gói thầu của Dự án được ký theo mẫu Hợp đồng quốc tế FIDIC có nhiều điểm khác biệt với quy định của pháp luật Việt Nam hiện hành. Vấn đề này ảnh hưởng trực tiếp tới việc gia hạn thời gian hợp đồng và bổ sung chi phí do việc kéo dài thời gian, dẫn đến các tranh chấp với nhà thầu quốc tế, gây khó khăn cho cơ quan quản lý của Việt Nam trong việc lựa chọn áp dụng quy định để giải quyết tranh chấp.

Trong quá trình đàm phán điều chỉnh, gia hạn hợp đồng, một số nhà thầu quốc tế lợi dụng tính cấp bách và phức tạp của án để gây sức ép lên chủ đầu tư, đề xuất giá trị phát sinh lớn và thiếu hợp tác để giải trình, cung cấp hồ sơ chứnh minh cụ thể theo yêu cầu của chủ đầu tư. Hiện Dự án đường sắt đô thị Nhổn-ga Hà Nội đang gặp các vấn đề khó khăn cần phải ký kết các phụ lục gia hạn thời gian thực hiện và bổ sung các chi phí do kéo dài thời gian thực hiện hợp đồng.

Thứ tư là vướng mắc liên quan đến điều chỉnh Hợp đồng Tư vấn Systra (Hợp đồng trọn gói). Tư vấn dự án Systra được chỉ định thông qua Nghị định thư giữa Chính phủ Pháp và Chính phủ Việt Nam ngay từ đầu dự án nên việc quản lý thực hiện và thương thảo, điều chỉnh hợp đồng của chủ đầu tư với tư vấn luôn gặp khó khăn.

Đơn vị tư vấn chưa cung cấp đầy đủ, hiệu quả cho chủ đầu tư các giải pháp giải quyết các vấn đề trong quá trình triển khai để bảo đảm tiến độ dự án.

Thứ năm, các vướng mắc liên quan đến quy chuẩn, tiêu chuẩn, các quy định về định mức, đơn giá, giá vật tư, thiết bị chuyên ngành đường sắt đô thị.

Theo lãnh đạo MRB, vì các nguyên nhân trên mà đến nay có tới 9/10 gói thầu cần phải ký kết các phụ lục gia hạn thời gian thực hiện và bổ sung các chi phí do kéo dài thời gian thực hiện hợp đồng.