Xe ô tô không chịu phí sử dụng đường bộ trong các trường hợp bị hủy hoại do tai nạn hoặc thiên tai; Bị tịch thu hoặc bị thu hồi giấy chứng nhận đăng ký xe, biển số xe; Bị tai nạn đến mức không thể tiếp tục lưu hành phải sửa chữa từ 30 ngày trở lên; Xe kinh doanh vận tải thuộc doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã kinh doanh vận tải (sau đây gọi chung là doanh nghiệp) tạm dừng lưu hành liên tục từ 30 ngày trở lên.

Xe ô tô của doanh nghiệp không tham gia giao thông, không sử dụng đường thuộc hệ thống giao thông đường bộ (chỉ được cấp Giấy chứng nhận kiểm định và không cấp Tem kiểm định theo quy định về kiểm định an toàn kỹ thuật và bảo vệ môi trường phương tiện giao thông cơ giới đường bộ của Bộ Giao thông vận tải), chỉ sử dụng trong phạm vi Trung tâm sát hạch lái xe, nhà ga, cảng, khu khai thác khoáng sản, nông, lâm, ngư nghiệp, công trường xây dựng (giao thông, thủy lợi, năng lượng).

Xe ô tô đăng ký, đăng kiểm tại Việt Nam nhưng hoạt động tại nước ngoài liên tục từ 30 ngày trở lên và xe ô tô bị mất trộm trong thời gian từ 30 ngày trở lên.

Các trường hợp nêu trên không chịu phí nếu có đủ hồ sơ đáp ứng các quy định. Trường hợp xe ô tô đó đã được nộp phí sử dụng đường bộ, chủ phương tiện sẽ được trả lại số phí đã nộp (áp dụng cho xe ô tô bị hủy hoại; bị tịch thu hoặc bị thu hồi giấy chứng nhận đăng ký xe, biển số xe không tiếp tục lưu hành) hoặc được trừ vào số phí phải nộp của kỳ sau (áp dụng đối với xe ô tô vẫn tiếp tục được lưu hành) tương ứng với thời gian không sử dụng đường bộ. Không áp dụng quy định nêu trên đối với xe ô tô của lực lượng quốc phòng, công an.

Chưa thu phí đối với xe ô tô mang biển số nước ngoài (bao gồm cả trường hợp xe được cấp đăng ký và biển số tạm thời) được cơ quan có thẩm quyền cho phép tạm nhập, tái xuất có thời hạn theo quy định của pháp luật.

Các trường hợp miễn phí sử dụng đường bộ đối người nộp phí cho các phương tiện là xe cứu thương, xe chữa cháy.

Xe chuyên dùng phục vụ tang lễ là những xe có kết cấu chuyên dùng phục vụ tang lễ (bao gồm xe tang, xe tải lạnh dùng để lưu xác và chở xác). Hoặc các xe liên quan phục vụ tang lễ (bao gồm xe chở khách đi cùng xe tang, xe tải chở hoa, xe rước ảnh) là xe chỉ sử dụng cho hoạt động tang lễ mà trên Giấy đăng ký xe mang tên đơn vị phục vụ lễ tang. Đơn vị phục vụ lễ tang phải có văn bản cam kết các loại xe này chỉ sử dụng cho hoạt động lễ tang (trong đó nêu cụ thể số lượng xe, biển số xe theo từng loại) gửi đơn vị đăng kiểm (khi đăng kiểm xe).

Xe chuyên đùng phục vụ quốc phòng bao gồm các phương tiện cơ giới đường bộ mang biển số: Nền màu đỏ, chữ và số màu trắng dập chìm có gắn các thiết bị chuyên dụng cho quốc phòng (xe xi téc, xe cần cẩu, xe chở lực lượng vũ trang hành quân được hiểu là xe ô tô chở người có từ 12 chỗ ngồi trở lên, xe ô tô tải có mui che và được lắp đặt ghế ngồi trong thùng xe và một số loại xe chuyên dùng khác mang biển số màu đỏ).

Xe chuyên dùng của các đơn vị thuộc hệ thống tổ chức của công an nhân dân bao gồm: Xe ô tô tuần tra kiểm soát giao thông của cảnh sát giao thông có đặc điểm: Trên nóc xe ô tô có đèn xoay và hai bên thân xe ô tô có in dòng chữ: “CẢNH SÁT GIAO THÔNG”; xe ô tô cảnh sát 113 có in dòng chữ: “CẢNH SÁT 113” ở hai bên thân xe, xe ô tô cảnh sát cơ động có in dòng chữ “CẢNH SÁT CƠ ĐỘNG” ở hai bên thân xe, xe ô tô vận tải có mui che và được lắp ghế ngồi trong thùng xe chở lực lượng công an làm nhiệm vụ, xe ô tô chuyên dùng chở phạm nhân, xe cứu hộ, cứu nạn, xe ô tô đặc chủng (xe thông tin vệ tinh, xe chống đạn, xe phòng chống khủng bố, chống bạo loạn và các xe ô tô đặc chủng khác của Bộ Công an).