Cụ thể, ba tuyến metro kết nối Tân Sơn Nhất, khu đô thị Cần Giờ, ga đường sắt quốc gia ở TP HCM sẽ được nghiên cứu bổ sung quy hoạch để đồng bộ mạng lưới đường sắt đô thị. 

Tuyến đường sắt đô thị thứ nhất được đề xuất có tính chất kết nối Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất (qua các nhà ga hành khách) về đến đến trung tâm Thành phố Hồ Chí Minh và Thủ Thiêm, qua đó, kết nối đến Cảng hàng không quốc tế Long Thành theo đường sắt Thủ Thiêm-Long Thành đã quy hoạch. 

Tuyết thứ hai được nghiên cứu kết nối từ nội đô TP HCM đến khu đô thị biển rộng 2.870 ha ở huyện Cần Giờ. Tuyến này dự kiến liên kết với Metro số 4 (Thạnh Xuân - Khu đô thị Hiệp Phước) tại huyện Nhà Bè, sau đó vượt sông Soài Rạp để tới khu đô thị biển.

Tuyến còn lại có tính chất vận chuyển khách, kết nối giữa hai ga đầu mối đường sắt quốc gia là ga Thủ Thiêm và ga Tân Kiên, chiều dài khoảng 28km bằng cách sử dụng một phần hướng tuyến trước đây được quy hoạch cho tuyến đường sắt một ray (monorail) theo đường Nguyễn Văn Linh.

Ngoài ba tuyến nêu trên, đơn vị tư vấn cũng đề xuất kéo dài các tuyến metro đã quy hoạch, gồm: số 6 (Bà Quẹo - vòng xoay Phú Lâm), số 2 - giai đoạn hai (Bến Thành - Thủ Thiêm) để tạo hành lang đường sắt đô thị thông suốt theo hướng Tây Bắc TP HCM - Bến Thành - Thủ Thiêm - Long Thành. Ngoài ra, một số tuyến khác cũng được tính toán liên kết với mạng lưới đường sắt đô thị tại Bình Dương để hình thành mạng lưới đồng bộ.

Cùng với bổ sung 3 tuyến trên, đơn vị tư vấn đề xuất nối dài tuyến metro số 6 (Bà Quẹo-vòng xoay Phú Lâm) thêm khoảng 7km đến đường Nguyễn Văn Linh; nối tuyến metro số 2-giai đoạn 2 (Bến Thành-Thủ Thiêm) với đường sắt Thủ Thiêm-Long Thành, tạo thành một hành lang đường sắt thông suốt từ đô thị Tây Bắc-Bến Thành-Thủ Thiêm-Long Thành dài hơn 80 km; kết nối các tuyến số 3b và số 4 với các tuyến đường sắt đô thị đang được nghiên cứu của tỉnh Bình Dương...

Ngoài ra, các đơn vị cũng thống nhất với đề xuất chuyển ga đầu mối hành khách đường sắt quốc gia hiện hữu (Hà Nội-Thành phố Hồ Chí Minh) từ ga Bình Triệu (Thành phố Hồ Chí Minh) về ga An Bình mới (Bình Dương).

Điều này giúp nghiên cứu chuyển đoạn tuyến đường sắt quốc gia từ sau ga An Bình về ga Sài Gòn thành đường sắt đô thị, giải phóng quỹ đất tại các trạm đầu mối kỹ thuật (Bình Triệu, Chí Hòa...) cho phát triển mô hình TOD.

Sở Giao thông Vận tải Thành phố Hồ Chí Minh cho biết, Sở sẽ tiếp tục làm việc với các sở, ngành, địa phương liên quan để làm rõ, thống nhất một số nội dung điều chỉnh, bổ sung quy hoạch các tuyến đường sắt đô thị để báo cáo Ủy ban Nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh xem xét, kịp thời cập nhật vào Đồ án Quy hoạch chung thành phố Thủ Đức đến năm 2040 và Đồ án điều chỉnh Quy hoạch chung xây dựng Thành phố Hồ Chí Minh đến năm 2040 và tầm nhìn đến năm 2060.