Bộ Tài chính cho biết, giai đoạn khi ban hành Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg, hệ thống khai báo hải quan chỉ thuần túy thực hiện theo thủ công nên chính sách miễn thuế tại Quyết định này đã góp phần giảm thiểu thủ tục hành chính và giúp đẩy nhanh thời gian thông quan hàng hóa, giảm bớt số lượng hàng hóa phải khai nộp thuế. Tuy nhiên đến nay, chính sách này không còn phù hợp do thương mại điện tử thế giới cũng như tại Việt Nam đã và đang tăng trưởng rất nhanh qua các năm. Hàng ngày có khoảng 4-5 triệu đơn hàng giá trị nhỏ được vận chuyển từ Trung Quốc về Việt Nam qua các sàn thương mại điện tử.

Về thủ tục hải quan, hệ thống quản lý hải quan tự động tại cảng, kho, bãi (VASSCM) tiếp tục được triển khai hiệu quả, góp phần đơn giản hoá thủ tục đưa hàng hoá khỏi kho, bãi, cảng, giảm sự tiếp xúc giữa cơ quan Hải quan và doanh nghiệp, giảm thời gian đi lại của người dân, khắc phục tình trạng ùn tắc tại cổng cảng, kho, bãi. Nhờ tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin và áp dụng phương pháp quản lý hải quan hiện đại nên đến nay, đã có trên 99% thủ tục hải quan được thực hiện bằng phương thức điện tử thông qua Hệ thống thông quan tự động (VNACCS/VCIS).

Sự phát triển và hoàn thiện của hệ thống khai hải quan điện tử nêu trên đã giúp thông quan hàng hóa nhanh chóng và tạo thuận lợi cho việc quản lý tờ khai hàng hóa hàng ngày với số lượng lớn mà không làm gián đoạn hoạt động thương mại. Người khai hải quan cũng không cần đến các nơi làm thủ tục hải quan để kê khai qua mạng, từ đó giảm lượng người kê khai do việc làm thủ tục được tiến hành thông qua các đại lý, hãng vận chuyển nên việc quản lý và thu thuế đối với hàng hóa nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh được tiến hành tập trung và nhanh chóng hơn nhiều so với trước đây.

Ngoài ra, một số ý kiến cho rằng cùng một chủng loại hàng hóa nhưng hàng hóa sản xuất trong nước vẫn phải nộp thuế GTGT nên việc miễn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu qua dịch vụ chuyển phát nhanh có giá trị nhỏ vô hình chung đã tạo sự chênh lệch giá dẫn đến sự cạnh tranh không công bằng với hàng hóa cùng chủng loại sản xuất trong nước (do phải nộp thuế GTGT), từ đó ảnh hưởng đến việc sản xuất, tiêu thụ hàng hóa trong nước…

Từ cơ sở pháp lý và thực tiễn nêu trên, để đảm bảo tính đồng bộ của chính sách thuế và thông lệ quốc tế đối với hàng hóa nhập khẩu gửi qua dịch vụ chuyển phát nhanh có giá trị nhỏ, thực hiện đúng chủ trương, định hướng của Đảng, Nhà nước về bao quát toàn bộ các nguồn thu, mở rộng cơ sở thu, đồng thời đảm bảo thu đủ thuế, đảm bảo công bằng với sản xuất trong nước, khuyến khích tiêu dùng hàng sản xuất trong nước, Bộ Tài chính trình Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg mà không chờ vào tiến độ ban hành Nghị định Thương mại điện tử. Theo đó, từ ngày Quyết định bãi bỏ Quyết định số 78/2010/QĐ-TTg có hiệu lực sẽ không áp dụng chính sách miễn thuế GTGT đối với hàng có giá trị nhỏ qua đường chuyển phát nhanh để đồng bộ với Luật thuế GTGT, riêng chính sách miễn thuế nhập khẩu với hàng có giá trị nhỏ vẫn được thực hiện như hiện hành theo quy định tại Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và Nghị định quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật này.