Theo đó, tại khu vực đầu mối TP.HCM sẽ quy hoạch 8 tuyến đường sắt gồm: Trảng Bom - Sài Gòn (Hòa Hưng) - Tân Kiên; Biên Hòa - Vũng Tàu; TP.HCM - Lộc Ninh; TP.HCM - Cần Thơ; Tốc độ cao Bắc - Nam (đoạn Thủ Thiêm - cảng hàng không Long Thành); Thủ Thiêm - Long Thành; TP.HCM - Tây Ninh; đường sắt kết nối cảng Hiệp Phước, cảng Long An.

Về hạ tầng, sẽ tập trung đầu tư nâng cấp, cải tạo bảo đảm an toàn chạy tàu và từng bước đưa vào cấp kỹ thuật tuyến đường sắt Hà Nội - TP.HCM hiện có nhằm phát huy được vai trò chủ lực của vận tải đường sắt về hành khách và hàng hóa; để phù hợp với quy hoạch mạng lưới đường sắt được phê duyệt.

Nghiên cứu, đầu tư, khởi công xây dựng mới một số tuyến, ga đường sắt vành đai, tuyến kết nối cảng biển lớn đáp ứng yêu cầu về năng lực vận tải đường sắt cũng như khả năng khai thác kết nối liên thông các tuyến đường sắt trong khu đầu mối, tạo tiền đề cho việc từng bước chuyển đổi công năng các đoạn tuyến đường sắt quốc gia trong khu vực nội đô như tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam (đoạn Nha Trang - TP.HCM); tuyến Biên Hòa - Vũng Tàu kết nối ra cảng Thị Vải, Cái Mép; tuyến TP.HCM - Cần Thơ; tuyến TPHCM - Lộc Ninh; tuyến Thủ Thiêm - Long Thành.

Tầm nhìn đến năm 2050, cơ bản hoàn thiện mạng lưới đường sắt khu vực đầu mối TP.HCM bảo đảm kết liên thông, an toàn, hiệu quả giữa các tuyến đường sắt. Đồng thời, kết nối thuận tiện với các phương thức vận tải khác và các trung tâm kinh tế trọng điểm khu vực phía Nam cũng như các trung tâm kinh tế của đất nước.

Về hạ tầng, hoàn thành nâng cấp, cải tạo tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện tại đang khai thác. Hoàn thành xây dựng các tuyến mới trên hành lang Bắc - Nam, Đông - Tây, tuyến kết nối các cảng biển lớn tại TPHCM, Bà Rịa - Vũng Tàu, Đồng Nai, Long An.

Tại quy hoạch, Tư vấn đề xuất 5 ga hành khách trung tâm/ga chính. Trong đó, ga Sài Gòn/Hòa Hưng là ga hành khách trung tâm của thành phố, tổ chức chạy tàu khách xuyên tâm theo hướng ga An Bình - Bình Triệu - Sài Gòn - Tân Kiên theo kiểu "con lắc" qua ga trung tâm.

Ga Sài Gòn cũng là ga trung tâm của các loại tàu khách: Bắc - Nam (khi tuyến đường sắt tốc độ cao nối vào trong khu vực đầu mối thông qua tuyến đường sắt Trảng Bom - Hòa Hưng hoặc tuyến đướng sắt Biên Hòa - Vũng Tàu), tàu khách liên vận, tàu khách địa phương (vùng), tàu nội - ngoại ô. Tại khu vực ga không bố trí cơ sở sửa chữa, bảo dưỡng đầu máy toa xe do không có quỹ đất.

Ga An Bình là ga đầu mối hành khách phía Bắc thành phố; ga Bình Triệu là ga đón, tiễn cho hành khách lên xuống; ga Tân Kiên là ga đầu mối hành khách phía Nam thành phố.

Hai ga hành khách đầu mối là ga An Bình và ga Tân Kiên có cơ sở sửa chữa, bảo dưỡng đầu máy, toa xe nằm ở hai đầu bên ngoài khu trung tâm và tổ chức chạy tàu kiểu "con lắc" qua ga hành khách trung tâm là ga Sài Gòn/ Hòa Hưng cho các đoàn tàu khách liên vận, tàu khách liên vùng và tàu khách nội - ngoại ô. Bên cạnh đó, ga Tân Kiên còn là ga đầu, cuối tổ chức chạy tàu cho đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam.

Ga Thủ Thiêm là ga hành khách phía Đông của thành phố, tổ chức đón, tiễn cho hành khách đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam.

Với các ga hàng hóa trung tâm/ga chính, Tư vấn đề xuất quy hoạch ga An Bình là ga trung tâm, lập tàu hàng, thông qua, cắt móc và giải thể đoàn tàu đi các hướng cho toàn mạng đường sắt khu đầu mối TP.HCM; đồng thời là ga hàng hóa chính TP.HCM và tỉnh Bình Dương; định hướng là ga kết hợp chức năng liên vận quốc tế.

Ga Trảng Bom là ga hàng hóa ở phía Bắc khu đầu mối (bao gồm cơ sở sửa chữa, chỉnh bị, sửa chữa đầu máy, toa xe hàng); là ga trung chuyển hàng hóa giữa đường sắt khổ hẹp và đường khổ tiêu chuẩn, là ga tham gia vận chuyển đa phương thức từ ICD Trảng Bom ra cụm cảng nước sâu Thị vải - Vũng Tàu.

Ga Tân Kiên là ga hành khách đồng thời cũng là hàng hóa khu vực phía Nam của khu đầu mối. Đây là ga mà hàng hóa từ phía Bắc, Tây Ninh, Cần Thơ vận chuyển về trước khi phân phối cho các khu vực nội thành của thành phố (thông qua phương tiện đường bộ) phục vụ nhu cầu sinh hoạt toàn thành phố.

Với Ga Thạnh Đức, đây là ga hàng hóa cho các khu công nghiệp ở huyện Bến Lức và tỉnh Long An và là ga nối ray với tuyến đường sắt chuyên dụng ra cảng Hiệp Phước (huyện Nhà Bè, TP.HCM); cảng Long An (huyện Cần Giuộc, tỉnh Long An).

Về tổ chức vận tải, Tư vấn đề xuất tổ chức vận tải hàng hóa, hành khách trong khu vực đầu mối sẽ được quy hoạch theo hướng chuyên môn hóa cao, tách riêng luồng tàu hàng và luồng tàu khách: Vận tải hàng hóa sẽ tiếp cận theo hướng vành đai, vận tải hành khách tiếp cận theo hướng đi vào trung tâm.

Cụ thể, tàu hàng khi vào khu vực đầu mối sẽ chạy theo đường sắt vành đai (tuyến song song với đường Vành đai 2 - tuyến TP.HCM - Cần Thơ); kết nối tàu hàng đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam vào khu vực đầu mối đường sắt TP.HCM theo hướng kết nối vào ga Trảng Bom.

Tàu khách phục vụ trực tiếp cho người dân thành phố sẽ được quy hoạch vào sâu trong khu trung tâm thành phố để thuận tiện cho việc tiếp cận của người dân: Tổ chức tàu khách đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam liên thông giữa ga Thủ Thiêm và ga Tân Kiên qua khu vực phía Nam thành phố; Tổ chức chạy tàu khách nội - ngoại ô, tàu khách liên vùng/tàu địa phương, tàu khách liên vận xuyên tâm thành phố qua ga trung tâm Sài Gòn/Hòa Hưng.