Tổng diện tích quy hoạch dự kiến khoảng 110ha. Với tính chất là khu vực xây dựng cảng thủy nội địa, cảng sẽ tập trung đầu tư nhiều hạng mục chính như kho bãi hàng hóa, kho bãi ngoại quan, hệ thống soi chiếu hải quan, trung tâm điều hành… Đồng thời, UBND cũng đồng ý quy hoạch các khu neo đậu và quay trở tàu và thiết lập báo hiệu an toàn đường thủy.

Ranh giới khu vực Cảng được giới hạn phía Bắc giáp đất dân cư hiện trạng và đất nông nghiệp xã Yên Sơn, phía Nam giáp sông Lục Nam, phía Đông giáp tuyến đường Vành đai 5 theo quy hoạch (hiện trạng là đất nông nghiệp thuộc địa phận xã Yên Sơn); phía Tây giáp tuyến nhánh ĐT293 đi chùa Vĩnh Nghiêm.

UBND cũng hướng tới bảo đảm nguyên tắc phù hợp với quy hoạch hạ tầng đường thủy nội địa Quốc gia và đối với các đồ án quy hoạch đã được phê duyệt, các tiêu chuẩn, quy chuẩn và hiện trạng khu vực nghiên cứu. 

UBND tỉnh Bắc Giang yêu cầu tổ chức phân khu chức năng, đảm bảo quy định hoạt động đối với công nghệ khai thác cảng và kho bãi logistic, khu dịch vụ tiền cảng và khu chức năng đặc thù. Huyện Lục Nam cũng được chỉ đạo lập quy hoạch tức thời để gửi phê duyệt tới Sở Xây dựng tỉnh với thời gian hoàn thành đồ án dưới 6 tháng.