KKT Vân Phong gồm toàn bộ diện tích tự nhiên các xã Vạn Thạnh, Vạn Thọ, Đại Lãnh, Vạn Phước, Vạn Bình, Vạn Long, Vạn Khánh, Vạn Thắng, Vạn Phú, Vạn Lương, Vạn Hưng và thị trấn Vạn Giã (thuộc huyện Vạn Ninh); các phường Ninh Hiệp, Ninh Giang, Ninh Đa, Ninh Thủy, Ninh Diêm, Ninh Hải và các xã Ninh An, Ninh Thọ, Ninh Phước (thuộc thị xã Ninh Hòa).

Khánh Hoà cũng đặt mục tiêu xây dựng KKT Vân Phong là KKT tổng hợp đa ngành, đa lĩnh vực có vai trò đầu tàu thu hút đầu tư và là động lực phát triển kinh tế cho các vùng lân cận và cho cả nước. Trong đó, kinh tế biển là nền tảng với cảng trung chuyển container quốc tế và dịch vụ logistics, đô thị, dịch vụ, du lịch, công nghiệp giữ vai trò quan trọng, kết hợp phát triển các ngành kinh tế khác. Đây cũng là trung tâm dịch vụ du lịch và vui chơi, giải trí tổng hợp cao cấp có những sản phẩm dịch vụ, du lịch độc đáo, khác biệt và hiện đại.

Đề xuất điều chỉnh quy hoạch KKT Vân Phong cũng được định hướng xây dựng KKT này trở thành khu vực phát triển đô thị thông minh bền vững với hệ thống cơ sở hạ tầng kinh tế - xã hội phát triển đồng bộ, hiện đại; có vị trí quan trọng về an ninh, quốc phòng của quốc gia. Đến năm 2030, đất xây dựng các khu chức năng khoảng 14.900 ha và dân số khoảng 350.000 - 380.000 người. 

Theo đề xuất điều chỉnh quy hoạch của UBND tỉnh Khánh Hòa, không gian phát triển các khu chức năng trong KKT Vân Phong được điều chỉnh sắp xếp theo hướng các khu du lịch, dịch vụ du lịch với các loại hình du lịch sinh thái - vui chơi giải trí, nghỉ dưỡng cao cấp, sân golf, casino, công viên chuyên đề, triển lãm du thuyền quốc tế kết hợp các hoạt động tham quan, trải nghiệm... có diện tích đất khoảng 2.613 ha.

Các phân khu trên tập trung chủ yếu tại khu vực Hòn Lớn, bán đảo Hòn Gốm, Đại Lãnh (2.000 ha) và khu vực Dốc Lết (198 ha), các khu vực khác khoảng 369ha. Đáng chú ý, không hình thành đơn vị đất ở tại đảo Hòn Lớn, Điệp Sơn và núi Khải Lương; kết nối các tuyến cáp treo liên kết với đảo Hòn Lớn và tuyến tàu hỏa leo núi, tuyến đường hầm qua núi liên kết với khu vực phía Nam núi Khải Lương.

Ngoài ra, các khu công nghiệp (KCN) và khu chức năng phát triển công nghiệp gồm: KCN Ninh Thủy 208ha, KCN Dốc Đá Trắng 288 ha, KCN Ninh Diêm 290 ha. Cảng biển, cảng hàng không và các trung tâm dịch vụ hậu cần, logistic có tổng diện tích khoảng 2.300 ha.

Trong đó, khu bến Bắc Vân Phong khoảng 141 ha, khu bến Nam Vân Phong khoảng 661 ha; khu chức năng phát triển công nghiệp, hậu cần, logistic tại Ninh Phước khoảng 950 ha… Riêng Cảng hàng không đặt tại xã Vạn Thắng (huyện Vạn Ninh) có diện tích khoảng 550 ha. Các khu vực Đầm Môn, Vĩnh Yên - Mũi Đá Son tỷ lệ đất khu vực phát triển dân cư đô thị khoảng 430 ha chiếm tỷ lệ 4,5% tổng diện tích đất tự nhiên khu vực bán đảo Hòn Gốm.

Khánh Hoà cũng sẽ xây dựng các khu tái định cư có tổng diện tích 686 ha trong đó đã quy hoạch và xây dựng tại Vĩnh Yên, Vạn Thắng, Ngọc Sơn, Xóm Quán và Ninh Thuỷ. Quy hoạch mới các khu TĐC có diện tích tổng cộng 280 ha tại Vạn Thắng, Vạn Long, Ninh An và Ninh Diêm. Khánh Hòa sẽ mở rộng các khu TĐC Vĩnh Yên và Xóm Quán thêm 75 ha. Các khu tái định cư phục vụ cao tốc Bắc - Nam và cao tốc Khánh Hòa - Buôn Ma Thuột có tổng diện tích 79 ha tại huyện Vạn Ninh và thị xã Ninh Hòa.