Theo đề xuất, dự án sẽ đầu tư các công trình giao cắt khác mức cho 21 vị trí giao cắt giữa 4 tuyến đường sắt (bao gồm các tuyến Hà Nội - TP HCM, Hà Nội-Hải Phòng, Yên Viên-Lào Cai và Hà Nội-Đồng Đăng) với các quốc lộ nằm trên địa phận 13 tỉnh, thành phố trong cả nước, trải dài từ Bắc vào Nam.

Dự kiến tổng mức đầu tư Dự án cải thiện an toàn giao thông đường sắt là khoảng 8.148,59 tỷ đồng (tương đương khoảng 320,04 triệu USD), trong đó hai khoản chi lớn nhất là chi phí xây dựng 4.575 tỷ đồng và dự phòng 1.786 tỷ đồng.

Trong đó, đề xuất sử dụng vốn vay ODA từ WB trị giá khoảng 5.716,54 tỷ đồng (tương đương khoảng 224,52 triệu USD) để sử dụng cho các hạng mục: chi phí xây dựng; chi phí tư vấn thiết kế; chi phí tư vấn giám sát thi công; chi phí dự phòng cho các hạng mục trên. Vốn đối ứng trị giá khoảng 2,432,05 tỷ đồng (tương đương khoảng 95,52 triệu USD) được sử dụng cho các hạng mục: chi phí quản lý dự án, thuế giá trị gia tăng, tư vấn thiết kế, giám sát, tư vấn khác và chi phí khác; chi phí giải phóng mặt bằng; chi phí dự phòng cho các hạng mục trên.

Trên dọc tuyến đường sắt Bắc-Nam, có nhiều vị trí cầu, hầm và đường ngang đang bị xuống cấp và cấp thiết phải bố trí ưu tiền nguồn vốn để gia cố khẩn cấp nhằm đảm bảo an toàn chạy tàu. Ban Quản lý dự án 2 cũng lý giải về nguồn vốn đầu tư dự án này bởi do đặc thù đường sắt yêu cầu độ dốc dọc nhỏ và một số đặc thù kỹ thuật đặc biệt khác như ga, hệ thống thông tin tín hiệu đường sắt, an toàn chạy tàu... nên phương án nên phương án xây dựng cầu đường sắt vượt đường bộ sẽ rất tốn kém và khó khả thi vì vậy phương án chủ yếu được kiến nghị lựa chọn là xây dựng cầu đường bộ vượt qua đường sắt.

Nếu được cấp có thẩm quyền thông qua, dự án sẽ được triển khai trong vòng 5 năm sau khi Hiệp định tài trợ có hiệu lực (dự kiến từ năm 2025 đến năm 2030). Dự án được kỳ vọng là sẽ giúp nâng cao an toàn chạy tàu, cắt giảm chi phí duy tu và vận hành hàng năm của các đường ngang hiện tại sau khi xây dựng nút giao khác mức với đường bộ; xoá bỏ hiện tượng ùn tắc đường bộ khi có tàu thông qua.