Hệ thống thu phí Metro số một hiện đang có nguy cơ lạc hậu khi không áp dụng được chính sách giảm giá vé, chưa hỗ trợ nạp tiền, thanh toán điện tử. Theo tình hình hiện tại, hệ thống cần 159 tỷ đồng để nâng cấp.
Khi thành lập, Công ty TNHH Một thành viên Đường sắt đô thị số 1 (HURC1) được cấp vốn điều lệ 14 tỷ đồng mua sắm trang thiết bị văn phòng cơ bản, còn kinh phí hoạt động chưa được cấp.