Theo đó, đối với Cục Hải quan được tổ chức và hoạt động theo 3 cấp: Cục Hải quan; Chi cục Hải quan khu vực và Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu. Các đơn vị ở cơ quan Cục Hải quan, tổ chức lại 16 vụ, cục và đơn vị tương đương thuộc cơ quan Tổng cục Hải quan thành 12 đơn vị thuộc gồm Văn phòng, Ban Pháp chế, Ban Tổ chức cán bộ, Ban Thanh tra - Kiểm tra, Ban Tài vụ - Quản trị, Ban Giám sát quản lý về hải quan, Ban Nghiệp vụ thuế hải quan, Ban Quản lý rủi ro, Ban Công nghệ thông tin và Thống kê hải quan, Chi cục Kiểm định hải quan, Chi cục Điều tra chống buôn lậu vàChi cục Kiểm tra sau thông quan.
35 Cục Hải quan cấp tỉnh, thành phố sau khi sắp xếp bộ máy chỉ còn 20 Chi cục Hải quan khu vực.
Đối với cấp Chi cục Hải quan khu vực, tổ chức lại 35 cục hải quan tỉnh, thành phố hiện nay thành 20 Chi cục Hải quan khu vực (được đánh số thứ tự từ I đến XX).Trụ sở và địa bàn quản lý của 20 Chi cục Hải quan khu vực. Chi cục Hải quan khu vực trực thuộc Cục Hải quan, có chức năng giúp Cục trưởng Cục Hải quan quản lý nhà nước về hải quan và tổ chức thực thi pháp luật về hải quan, các quy định khác của pháp luật có liên quan trên địa bàn hoạt động của Chi cục Hải quan khu vực theo quy định. Chi cục Hải quan khu vực có bình quân không quá 8 đơn vị Văn phòng, Phòng, Đội trên mỗi Chi cục Hải quan khu vực.

Cục Hải quan Hải Phòng sau khi tổ chức sắp xếp lại trở thành Chi cục Hải quan khu vực III quản lý địa bàn Thành phố Hải Phòng và tỉnh Thái Bình
Đối với, Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu, tổ chức lại các Chi cục Hải quan hiện nay thành Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu. Tổng số Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu không quá 165 đơn vị. Sau khi sắp xếp, tổ chức lại Tổng cục Hải quan thành Cục Hải quan, dự kiến giảm khoảng 485/902 đầu mối, tương ứng 53,77%. Trên cơ sở quy định của Chính phủ và Bộ Tài chính, Cục Hải quan đang khẩn trương hoàn thiện, trình cấp có thẩm quyền ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan Hải quan các cấp thuộc cơ cấu tổ chức của Cục Hải quan.

Doanh nghiệp XNK khi làm thủ tục thông quan qua cảng vẫn thực hiện theo các mã, điểm làm thủ tục Hải quan đã được công bố trước khi có các văn bản khác thay thế
Trong thời gian Cục Hải quan hoàn thiện, trình các cấp có thẩm quyền ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan Hải quan các cấp thì thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu; phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh vẫn thực hiện theo các mã, địa điểm làm thủ tục hải quan đã được công bố trước đây (nay là Hải quan cửa khẩu/ngoài cửa khẩu). Các doanh nghiệp xuất nhập khẩu tuân thủ theo quy định tại Luật Hải quan và các văn bản quy phạm pháp luật có liên quan để đảm bảo không ngắt quãng công việc, thông quan hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bình thường.










