Trong quá trình triển khai thực hiện Dự án đầu tư xây dựng đường Vành đai 4, tỉnh Bắc Ninh còn gặp một số khó khăn, vướng mắc liên quan đến tổng mức đầu tư Dự án thành phần 1.3, công tác tổ chức thực hiện các khu tái định cư và cải tạo, nguồn vật liệu cung cấp cho Dự án,...
Cục Đường bộ Việt Nam (Bộ Giao thông vận tải) đã có văn bản về việc tạm bàn giao nguyên trạng dự án QL 9 sử dụng vốn dư của dự án VRAMP.